Met de stuw in de Kromme Rijn in Cothen regelt het waterschap de aan- en afvoer van water naar Utrecht. De monumentale sluis (1865) ernaast werd buiten oorlogstijd gebruikt om schepen voorbij de stuw te schutten. In oorlogstijd, als de waterlinie in stelling moest worden gebracht, liet de chef van het inundatiestation Wijk bij Duurstede het waterpeil in de Kromme Rijn eerst omhoog brengen door de sluis af te dammen met schotbalken. Vervolgens liet hij de balken verwijderen en stroomde een grote hoeveelheid water door de openstaande sluis richting Utrecht.
In het Rampjaar speelden de Goejanverwellesluis en Enkele Wierickesluis aan de Hollandsche IJssel een belangrijke rol, want deze vormden – samen met de sluis bij Nieuwerbrug aan de Oude Rijn – de inlaat tot de polder Langeweide, het smalste stuk van de Waterlinie. Op 17 juni 1672 stroomde de polder vol, en dat was net op tijd want de Franse troepen stonden al voor de – inderhaast geïnundeerde – waterlinie en hadden zelfs Oudewater veroverd. In allerijl besloot de commandant van Goejanverwelle, de graaf van Hoorne schansen en fortificaties op te werpen ter verdediging van de sluizen. Voorlopig was de waterlinie gered! Na het Rampjaar werden de schansen weer opgeruimd., maar eind 18e eeuw kwamen ze weer terug. Het bleef een belangrijke verdedigingsweg op de route naar Gouda, en daarom werd het ook bemand door een Gouds garnizoen. Aan beide zijden van de IJssel zijn nog resten van de Goejanverwelleschans in het landschap te zien. En de Goejanverwellesluis kreeg nationale bekendheid toen de Patriotten hier in 1787 prinses Wilhelmina van Pruisen een nachtje gevangen zetten in de zgn. Prinsessenboerderij.